정양모 신부를 '가톨릭신학의 이단자'라고 소개한 주최측은 "정양모 신부가 안병무 선생과 오랫동안 깊은 우정을 나누셨고, 가톨릭교회와 신학의 개혁을 위해 누구보다도 큰 노력을 기울여온 신학자"라며 한국교회와 신학의 개혁에 관심을 나누자고 초대했다. 

정양모 신부가 <기쁨과 희망>(기쁨과희망사목연구원) 2010년 제5호에 기고한 글에 따르면, 정 신부는 1997년 7월 2일 서공석, 이제민 신부와 더불어 한국 주교회의에서 제재를 받았다. 이제민 신부는 <교회-순결한 창녀>(분도출판사, 1995년)로, 서공석 신부는 <교회의 쇄신, 또 한번의 말잔치?>(사목 1997년 2월호)라는 글 때문에 제재를 받았고, 정양모 신부의 경우엔 '여러 학술회의 연설' 때문이라는데, "주교회의에서는 구체적으로 어떤 학술회의, 어떤 내용이 상부의 비위에 거슬렸는지 지금도 알 길이 없다"고 말한다. 결국 서강대학교에서 재직하던 정양모 신부는 서공석 신부와 더불어 1998년 8월에 사퇴할 수밖에 없었다. 그 뒤로 정 신부는 성공회대학의 초빙을 받았다. 

또한 1987년 박종철이 죽었을 때나 이한열이 죽었을 때 "정 신부님, 저기 예수 부활을 보세요"했다는데, 안병무는 예수의 부활을 일회적 사건이 아니라 민중의 역사에서 계속 반복되는 영속적 사건으로 보았다는 것이다.

정양모 신부는 안병무의 그리스도론이 "기절초풍할 정도로 혁신적"이었다는데, 1993년 5월 30일 강남 향린교회 창립예배에서 축사를 하면서, "세상에 해괴한 존재 중 하나가 완전한 신이면서 완전한 인간"이란 사상이라고, 사람이면 사람이고 신이면 신이지, 사람이며 신이란 사상은 그리스-로마 사상을 예수에게 꽉 맞추어 놓은 것이라고 비판했다는 것이다. 안병무 박사의 이런 사상처럼, 정양모 신부는 훗날 안병무 박사와 비슷한 견해를 지녔던 다석 유영모에게 심취했다.

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